تعد مكتبة معهد العلمين للدراسات العليا، احدى المكتبات الضخمة على مستوى العراق، وهي LCCتضم اكثر من 85 الف عنوان في مجالات مختلفة، مفهرسة على طريقة مكتبة الكونغرس ، وتمتاز بالتنوع في الكتب والمخطوطات في مجالات علمية وانسانية متنوعة، بينها كتب دينية وفقهية وقانونية وسياسية واعلامية وثقافية وادبية وغيرها، الى جانب المئات من اطاريح الدكتوراه ورسائل الماجستير التي كتبت ونوقشت في معهد العلمين وغيرها، الى جانب المجلات والدوريات.
ومن بين ما يميز مكتبة معهد العلمين، انها تضم قرابة 16 مكتبة شخصية لمراجع دين وادباء وعلماء واكاديميين وصحفيين وسياسيين، اهديت من قبل اصحابها او ورثتهم ، بلغ مجموع كتبها ومخطوطاتها المهداة اكثر من 24 الف كتاب.
وقال مدير مكتبة معهد العلمين أ.م.د عبدالرزاق احمد محمد ان ابرز هذه المكتبات المهداة هي مكتبة اية الله الشيخ حسين الحلي التي ضمت 1000 كتاب، وتتميز بوجود بعض التعليقات والملاحظات بخط يد الحلي، بالإضافة الى ما يقارب 200 مخطوطة ، وهي تحتوي على كتب حجرية تقدر اعمارها باكثر من 100 عام ، وهي من الكتب التي تتميز بحجمها الكبير،وتعد انتقاله من الكتب المخطوطة الى الحجرية، الى جانب الكتب المطبوعة، وشملت مجالات الفقه والأصول.
كذلك مكتبة العلامة الشيخ محمد رضا الشبيبي، والتي شملت 2000 كتاب متنوع اهديت عام 2017 ، وهي تتسم بالموسوعية، وتعبر عن اهتمامات صاحبها ، وشملت كتب في علم الاجتماع والسياسة والتاريخ، واخر الإصدارات للمجمع العلمي المصري، وتحتوي كتاب المجمعيات للشبيبي، واللافت ان في المكتبة مجموعة من كتب الطاقة ولاسيما البترول وكثير منها اهداءات من مؤلفيها،
واضاف ان من بين المكتبات المهداة، مكتبة الأستاذ جهاد الحسني، التي احتوت على 900 كتاب اهدت الى مكتبة المعهد عام 2017 ، وتضمنت العديد من الكتب في مجال السياسة في الشأن الداخلي والخارجي والشرق الأوسط وشمال افريقيا، وهي تتناول الازمات التي تمر بها السياسة الداخلية والخارجية و الإقليمية، كذلك تحتوي على العديد من الرسائل والاطاريح ، وتستمد مكتبة د. جهاد الحسني أهميتها من تنوعها وقدمها نوعا ما، اذ تعبر عن النتاج الفكري في مرحلة نضج الأفكار وعمقها .
وأشار الى ان مكتبة المعهد تضم مكتبة المرحوم أ.د عصام العطية، الذي شغل منصب عميد معهد العلمين للدراسات العليا ( 2011-2015 )، والتي احتوت على 1300 كتاب ، حيث اوصى المرحوم عصام العطية الى ابنته ان تكون مكتبته الخاصة من ضمن أروقة مكتبة معهد العلمين للدراسات العليا، لتقديم المنفعة للطلبة وزملائه من الأساتذة، وتم نقلها من بغداد الى النجف الاشرف، وتضمنت كتابان من تأليفه في القانون الدولي العام و المنظمات الدولية ، 85 رسالة واطروحة ورسالة في التخصص القانوني في القانون الدولي والعام ، والإنساني والمحاكم الدولية، ويقدر عمر هذه المكتبة باكثر من أربعة عقود .
الى جانب مكتبة السيد زهير بحر العلوم، التي احتوت على 2000 كتاب في مجالات الادب والتاريخ والاجتماع، مكتبة السيد حازم بحر العلوم وهي مختصة بعلم بالنفس والاجتماع، ومكتبة السيد ناظم بحر العلوم والتي ضمت العديد من الكتب في الادب والشعر في عقدي الاربعينات والخمسينات من القرن الماضي تعود الى الشاعر محمد صالح بحر العلوم الذي تسنم منصب رئاسة تحرير المجلة ورئاسة اتحاد الادباء في بغداد، كما اهدى السيد نور الدين بحر العلوم مكتبته الخاصة والتي تضم العديد من الكتب في مجال القانون.
ومن بين المكتبات المهداة لمكتبة معهد العلمين، مكتبة الاستاذ حميد التكمجي، والتي تحتوي على 300 كتاب، ارسلت من لندن الى النجف الاشرف ، حيث تميزت بالكتب العلمية والمنهجية في مجال الهندسة و المحاسبة والزراعة وعلم الاجتماع. ومكتبة المرحوم الحاج كاظم شريف التي تحتوي على 1500 كتاب، اهديت من قبل ابنه الى مكتبة معهد العلمين عام 2013، وكتب طبعت في النجف الاشرف في العلوم الإنسانية، الى جانب المجلات النجفية مثل مجلة الرابطة، والعدل، والغري، والنجف، والبذرة، وكتب في العلوم الإنسانية، اضافة الى الكتب الأدبية والإسلامية، والكتب التي تعنى بتراث وتاريخ النجف الاشرف، والشخصيات النجفية، وما زال نجل المرحوم يتواصل مع مكتبة معهد العلمين في إيصال عدد اخر من كتب والدة رحمة الله.
كما اهدى السيد الدكتور حكمت شبر، الذي تسنم منصب عميد معهد العلمين للدراسات العليا ( 2007- 2011 ) ، والتي احتوت على 1000 كتاب و رسالة ومجلة، وجمعت الكتب العربية والروسية والإنكليزية، ومعظمها في مجال القانون، و كتب مثل القوانين والتشريعات ترجمت من الفرنسية والإنكليزية والروسية الى العربية، كذلك تحتوي المكتبة على العديد من الكتب في مجال الادب مثل القصص والروايات والمذكرات والسير الشخصية المترجمة وغير المترجمة، الى جانب مؤلفاته في القانون والادب والدواوين الشعرية والسياسية، والتي بلغت اكثر من 35 كتاب، ومازال عطائه مستمرا لمكتبة العلمين، وحرص على رفد المكتبة بالمصادر الحديثة من مختلف الدول، ومنها الأردن، مصر، ولبنان وغيرها.
واشار الدكتور عبد الرزاق احمد امين مكتبة العلمين، الى انها تلقت إهداءا اخر تمثل في مكتبة السياسي هاني الفكيكي، التي اتسمت بالطابع السياسي، والتي احتوت على 700 كتاب، اهدت على مكتبة المعهد عام 2014، فضلا عن بعض مؤلفاته التاريخية، والتي تتعلق بوصف تجربته في السياسة العراقية والعربية، إضافة الى بعض الكتب التي تتعلق بالثقافة العامة.
ومكتبة الدكتور بيان رجيب، وتحتوي على 400 كتاب، وهي مكتبة قانونية بحته، وتحتوي كذلك بعض التخصصات التي تشترك مع القانون بمناقشة بعض القضايا الفقهية بالإضافة الى بعض الكتب السياسية والفقهية والحديث الشريف والكتب الأدبية والتاريخ ومجلات دورية، وقد اهدت الى مكتبة المعهد عام 2019.
وتضم ايضا مكتبة السفير الأستاذ احمد محمد رضا فرج الله، التي اهديت لمكتبة المعهد عام 2019، وتتعلق بالعلاقات الدولية، وقضايا الحدود والطاقة والبترول، وفي مجال الاقتصاد السياسي والكتب الإسلامية والتاريخ ، الى جانب إصدارات جامعة الدول العربية والجامعات المصرية. كذلك مكتبة المرحوم الدكتور صلاح الخفاجي، في القانون المدني والقانون العام والبالغ عددها 500 كتاب، اهدت الى مكتبة المعهد عام 2022، وتحتوي كتب في القوانين المدينة الأردنية واليمنية والليبية والعراقية والمصرية.
كما قام التدريسي في معهد العلمين الاستاذ الدكتور عباس عبود مكتبته الشخصية الى مكتبة العلمين، وهي تضم مجموعة كبيرة من كتب القانون والفقه والسياسة والحديث والعقائد والادب والتاريخ وكتب إسلامية، بلغ عددها قرابة 1000 كتاب، وتم نقلها الى مكتبة المعهد عام 2021 . الى جانب مكتبة الدكتور صالح ذهب التي ضمت 500 كتاب، كذلك مكتبة د. هند الجزائري، تضمت كتب اللغة والادب والنقد والحديث، البالغ عددها 491 كتاب. كما تلقت مكتبة العلمين اهداءات ضمت مجموعة من المؤلفات المتفرقة، بلغ عددها 10.000 كتاب، من مراكز للدراسات والبحوث، ومؤلفات تعود لأساتذة اكاديميين في مختلف التخصصات ولاسيما في القانون والسياسة.